1360年，被朱元璋请至应天，任谋臣，展现一个非常成功的兵法家的才能 。刘基针对当时形势 ， 向朱元璋提出避免两线作战、各个击破建策，被采纳 。辅佐朱元璋集中兵力先后灭陈友谅、张士诚.等势力 。
【刘伯温尽志无悔的故事】1367年，参与制定朱元璋的灭元方略，并得以实现 。共参与军机八年，筹划全局 。
1370年，为嘉勉刘基的功荣，授命刘基为弘文馆学士 。十一月朱元璋大封功臣 ， 本想封刘基为丞相，但刘基一再推脱 ， 只好作罢 。因此申请还乡 。朱元璋授命他为开国翊运守正文臣、资善大夫、上护军 ， 并封为诚意伯 。
尽管刘伯温说得都是大道理，不过他心里应该明白，让他出来收拾李善长，既是利用，也是试探他的忠诚度 。他一旦受命或可减轻朱元璋的猜疑，然而，唇亡则齿寒 ， 此例一开 ， 以后朱元璋对待开国功臣元老就会换另外一副面孔，此等不义之举 ， 按刘伯温的个性是绝不可为的 。
正因为如此，第二年他就请退，告老还乡了 。
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